Après la chute de Tenochtitlán, Cortés ordonna sa destruction totale et se retira à Coyoacán. Selon les us et coutumes nahuas dela période Postclassique, quand un peuple était vaincu militairement, il intègre le peuple vainqueur en qualité de vassal,ilparticipe aux campagnes militaires suivantes comme allié, et reçoit même éventuellement le tribut d'un nouveau vaincu, tout en versant le tribut au peuple qui l'avait d'abord vaincu.
Ce système formait une "pyramide" et le système d'alliances militaires était très généralisé à cette époque. Les peuples qui interviendront dans la Bataille de Tenochtitlan, autant les vainqueurs que les vaincus, ont offert une formidable machine de guerre qui explique que Ixtlilxóchitl ait pu diriger trois cent mille hommes au service de Cortés. Ces us et coutumes nahuas de la période postclassique, alliés aux techniques médiévales européennes, ont été les clés du succès de cette conquête, où les forces espagnoles étaient militairement peu importantes.
En novembre 1521, Cortés envoyaà Francisco de Orozco et une poignée d'espagnols pour ?rescatar oro? à Oaxaca, (pour "sauver l'or") accompagnés par une armée nombreuse de guerriers nahuas. Les zapotèques ne furentpas vaincus, mais conclurent une alliance douteuse avec les espagnols. Les espagnols fondèrentlavillede Oaxaca, et aux quatre points cardinaux, ils créèrent un village pour chacun de leurs quatre alliés, car ils craignaient une attaque des zapotèques. Au Nord, ils installèrent ceux deXochimilco, à l'est, ceux de Tlaxcala, au Sud les mexicaset à l'ouest ceux de Chapultepec. Aujourd'hui encore, ces quatre villages nahuas alliés des espagnols forment les quatrequartiers les plus anciens de la villede Oaxaca. Cette pratique a été reproduite pendant toute l'invasion de l'Anáhuac.
L'invasion se fit donc principalement avec l'aide des guerriers nahuas et peu d'espagnols, Ils arrivèrent au Sud jusqu'en Amérique Centrale, et au Nord, dans une grande partie de ce qui est aujourd'hui les USA. Les espagnols profitèrent des usages etcoutumes militaires anahuacas, pourvaincre et soumettre lespeuples commevassaux. Hier, comme aujourd'hui, les envahisseurs réussissent à faire se combattre des frères.
La disgrâce de Cortés est dû à qu'il se permit d'assassiner le confesseurroyal, que le roi d'Espagne avait envoyé incognito,pour l'informer de ce quefaisait Cortés,carétaient arrivées à la Cour des nouvelles pour et contre les méfaits de Cortés.
Le Frère Juan de Tecto arriva à Texcoco, et en 1524, il accompagna Cortés lors de l'expédition de las Hibueras où Cortés ordonna l'exécution de Cuauhtémoc. Les espagnols considéraient Cuauhtémoc comme un roi, le Frère Juan de Tecto s'opposa à son exécution, arguant qu'on ne pouvait assassiner un roi. Cortés le fit exécuter avec Cuauhtémoc et ce meurtre confirmait les rumeursque la Cour avait eu à propos de Cortés. Cette erreur mis fin au pouvoir de Cortés, qui fut rappelé en Espagne, où fut instruit un procès qui lui interdit de retourner en Anáhuac et même d'écrire sur la conquête, raison pour laquelle on suppose qu'il est l'auteur du livre "l'Histoire véritable de la Conquête de la Nouvelle Espagne", qu'il écrivit sous le pseudonyme de Bernal Díaz delCastillo.
Les actes de Cortés pendantla Guerre contre Tenochtitlán, et les trois siècles du Système Colonial, donnèrent le ton de ce sera et de ce quesont l'exercice du pouvoir et l'utilisation des institutions parles usurpateurs au Mexique.
Pendant les trois siècles de la colonisation, les gachupines, c'est à dire les espagnols nés en Espagne, et pendant les deux derniers siècles, à partir de la création de l'Etat mexicain en 1824, les criollos, fils d'espagnols nés en Anáhuac, ont ainsi gardé le pouvoir.
La Couronne espagnole instaura un Système de Castes, pour maintenir les habitants du Vice-royaume en conflits permanents, les uns contre les autres, pour éviter qu'ils ne s'unissent et ne se séparent de la Couronne. Dansce Système de Castes, la cúspide, les charges les plus importantes dans le gouvernement, l'armée, l'église, étaient occupées par los gachupines. Le second rangétait occupé par los criollos, qui occupaient les postes de secondairesdans la société de la Nouvelle Espagne. Au troisième rang, on rencontre los mestizos, qui sont les fils de mère anahuacaet depère espagnol, qui étaient les serviteurs de confiance,commedansles haciendas, sur les chantiers, dans les mines et le commerce. Ensuite viennent les africains, qui avaient été esclaveset achetéspar les riches pour les servir. Ils étaient encore assez considérés à ce niveau, à cause du prix élevé de leur achat. Au plus bas niveau se trouvaient donc les anahuacas, qui étaient traités comme des prisonniers de guerre, spécialement au XVIème siècle.